1959年にキューバ革命が起き、音楽大国だったキューバの立場は一転します。
革命前の体制における腐敗の象徴とされたダンスアカデミーは閉鎖され、体制の変化に危機感を覚えたミュージシャンたちは、アメリカを始めとする諸外国に亡命しました。亡命した彼らは「裏切り者」としてキューバ国内で非難され、彼らの曲は公的に禁止されました。
そして、革命の際に自らの特権を失うことを危惧した白人階級が大挙して亡命したため、革命後のキューバでは従来に増して黒人音楽の要素が増し、同時に伝統音楽を見つめ直す風潮が生まれます。1961年に結成されたルンバのグループ、ヨルバ・アンダボ(Yoruba Andabo)や1962年に結成された（アフロ・キューバン文化の伝承を目的とした）コンフント・フォークロロリコ・ナシオナル(Conjunto Folklorico Nacional)などがその一例でしょう。

1960年代になってR&Bやドーワップ、ボサノバなどの影響を受けたフィーリン(filin)というジャンルが発生し、この流れからはロス・ブカネロス(Los Bucaneros)やロス・サフィネロス(Los Zafineros)などといったグループが人気となりました。ロス・サフィネロスはエレクトリック・ギターを用いて、キューバやブラジルの音楽、そしてカリプソをミックスした音楽を演奏していました。
フィーリンの後に流行したのが、アメリカのフォークソング及びラテンアメリカ諸国で流行していたカンシオン・プロテスタ(cancion protesta)に影響を受けたヌエーバ・トローバ(nueva trova)です。パブロ・ミラネス(Pablo Milanes)とシルビオ・ロドリゲス(Silvio Rodriguez)を中心人物とするこのジャンルは、ハバナに建てられたセントロ・デ・ラ・カンシオン・プロテスタ(Centro de la Cancion Protesta)を拠点として拡がっていき、スペイン語圏では広く愛されました。
キューバの政治的なプロパガンダに用いられた側面もあるこの音楽ですが、本来は19世紀のトロバドーレス(trovadores、吟遊詩人)の精神を現代に、というモットーから生まれたものであり、政治的側面は別に考えるべきでしょう。
　
この時期に生まれた新しいリズムにはボテオ(boteo)、ティンバ(timba)などがありますが、どれも短期間の流行で終わっており、また全国的な人気を得るまでには至りませんでした。例外的に流行したパチャンガ(pachanga)にしても、元々ニューヨークで発生した音楽であり、キューバ独自のものではありませんでした。